Grundläggande principer för val av antigenpeptid

För att uppnå bästa resultat vid produktion av antikroppar är det nödvändigt att noggrant designa antigenpeptiden.
Designen bör uppfylla ett grundläggande villkor: Under immuniseringsprocessen kommer antigenet inte att producera ett överdrivet immunsvar, men samtidigt kan det producera antikroppar med förmågan att binda till proteinet av intresse.
Även om antigendesign är ett mycket komplext ämne med många detaljer som måste uppmärksammas, baserat på vår samlade erfarenhet, finns det flera viktiga grundläggande designprinciper som kan tillhandahållas för din referens.:

När man startar ett nytt forskningsprojekt är det nödvändigt att klargöra några grundläggande egenskaper hos proteinet av intresse, särskilt om att känna till proteinets struktur kommer att vara till stor hjälp för att välja igenkänningsregioner som antikroppen lätt kan komma åt och känna igen. Men i avsaknad av sådan exakt strukturell information (vilket oftast är fallet), påverkar förståelsen av syftet med studien strategin för peptiddesign. Till exempel: Om forskningsfokus ligger på olika regioner av proteinet, t.ex. C-terminal eller N-ände, eller proteinet i ett specifikt tillstånd, såsom fosforylering, etc., så borde polypeptiden som utformats enligt den nödvändiga sekvensen och motsvarande antikropp som genereras inte ha stora svårigheter att applicera. Proteinets konformation kommer emellertid att påverka interaktionen mellan antikroppen och dess igenkänningsregion. Ett möjligt problem i denna situation är att om i det vikta proteinet igenkänningsregionen är gömd inuti proteinet, kommer antikroppen inte att kunna komma åt denna region. (Kan inte interagera).

Generellt sett bör den mest ideala antigenigenkänningsregionen vara hydrofil, belägen på proteinytan och strukturellt deformerbar. För i de flesta naturliga miljöer tenderar hydrofila regioner att vara koncentrerade på proteinytan, medan hydrofoba regioner ofta är inlindade inuti proteinet. Av samma anledning kan antikroppar endast interagera med igenkänningsregioner som finns på proteinytan. När dessa igenkänningsregioner har tillräcklig strukturell deformerbarhet för att flytta till positioner där antikroppen kan komma i kontakt, kommer de att ha en hög affinitet med antikroppen.

En kontinuerlig region hänvisar till en igenkänningsregion som består av kontinuerliga aminosyrasekvenser. De flesta antikroppar är riktade mot kontinuerliga igenkänningsregioner. Antikropparnas förmåga att binda till sådana regioner med hög affinitet indikerar att denna sekvens inte finns inom proteinet. Den diskontinuerliga igenkänningsregionen representerar en polypeptidsekvens med en viss veckning, eller igenkänningsregionen för en antikropp som förbinder två separata polypeptider. I vissa fall kan antikroppar mot sådana diskontinuerliga igenkänningsregioner också produceras, men antigenpolypeptiden som används för immunisering måste ha en sekundär struktur som liknar den diskontinuerliga igenkänningsregionen, och längden på sekvensen måste uppfylla relevanta krav.

För att undvika risken för att igenkänningsregionen döljs inuti proteinet rekommenderar vi vanligtvis att man väljer en N, C motsvarande antikroppar som produceras i båda ändar. Eftersom i intakta proteiner, N, C Båda ändarna är vanligtvis exponerade på proteinytan. Det är dock viktigt att notera att membranproteiner C Enden är för hydrofob och är inte lämplig som antigen.

I allmänhet rekommenderar vi att sekvenslängden för antigenpolypeptiden är mellan 8-20 aminosyrarester. Om den är för kort finns risken att peptiden blir för speciell och affiniteten (bindningsförmågan) mellan den producerade antikroppen och det naturliga proteinet inte blir tillräckligt stark. På liknande sätt, om sekvenslängden överstiger 20, är ​​det möjligt att introducera sekundära strukturer och de producerade antikropparna kan förlora specificitet. Dessutom, ju längre peptidkedjan är, desto svårare är det att syntetisera, vilket gör det svårt att få produkter med hög renhet.

Grundläggande principer: Lägg till bärarproteinet till slutet långt bort från antikroppsigenkänningsregionen, som inte ingår i sekvensen. Cys I fallet med N- eller C-ände plus Cys. Den föredragna metoden för korslänkning.-

MacVecfor TM; DAN star TM; PC-Gene TM